L'AMO de base garantit le remboursement ou la prise en charge directe d'une partie des frais de soins. Les bénéficiaires devront présenter leur dossier auprès de l’agence CNSS la plus proche ou par l’entremise de leur employeur ou par voie postale. C’est le contrôle médical qui statue sur la demande de prise en charge.
Les remboursements et les prises en charge s'effectueront sur la base d'une tarification nationale de référence négociée par l’ANAM avec les prestataires de soins. La loi précise que les prestations garanties ne peuvent être remboursées ou prises en charge que si les soins ont été prescrits et exécutés sur le territoire national.